X光只能看到投影，所以有时要从两个不同方向拍出片子供医生定位患处，一般应用于对骨检测或者消化道造影（胃溃疡的诊断）等。另外 所谓的DSA技术可以辅助血管类手术，应用的原理本质也是X光透射。
而CT是对目标部位进行断层成像，可以在后续通过计算机来进行三维重建，常用于软组织造影（检查肿瘤等）和血管造影（冠脉和脑血管等）等。
选择X光和CT主要看需求，经济和放射线剂量。比如骨折的检查既不需要花CT的钱，又不必要照射过多的放射线，所以还是首选X光。而牙科需要对整个口腔进行建模，需要三维空间的认识，所以用CT。因此现在也有低剂量CT的发展，目的就是牺牲一定的分辨率从而尽可能减少患者被照射放射线的剂量，目前已应用于口腔和乳腺的检查中。
X光不会完全被CT取代，这种检查方式有它本身的独特性。